Il complesso venne edificato sul terreno donato da Martino Cassini alla comunità delle Clarisse conventuali di Lodi

Le monache Benedettine realizzarono la chiesa nel 1588 (attuale Aula Magna). Il chiostro è opera di Giuseppe Piermarini.

Edificato su progetto dell'architetto Gualini di Milano. Dal 1880 al 1931, fu percorso dalle tranvie interurbane per Bergamo e Soncino